Можно сказать, что по поводу буквы Ё сейчас есть два мнения. Первое — её нужно писать, потому что она существует как буква, никем не отменена и к тому же удобна. Второе — её не нужно писать (кроме особых случаев), потому что так сказано в существующих правилах. Судя по всему, первое мнение побеждает.
Википедия требует использования буквы Ё, указывая в правилах на оговорку: «В cпециальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языкa, учебниках орфоэпии и т. п.». И это единственный известный мне случай, когда всё чисто даже с формальной точки зрения. Все остальные, кто настаивает на точках, либо никак это не обосновывают, либо говорят, что они не согласны с правилами.
Для меня ситуация выглядит так. Это отдельная буква русского языка, которая есть в алфавите, а по правилам к ней нужно относиться как к треме (т.е. знаку, указывающему на правильное чтение буквы). Почему — не очень понятно. Раньше могли быть трудности с печатью буквы Ё (её не было на клавиатурах, даже в некоторых кодировках русского языка), а теперь она так же доступна, как и буква Е. Поэтому теперь нет необходимости её избегать (я, как видите, пользуюсь). В русском языке и так хватает трудностей.
Примечательно, что на сайте Института русского языка имени Виноградова «Учёный совет» написано через букву Ё. Это знаковое явление, я считаю. Теперь на этот сайт можно ссылаться как на образец. Интересно услышать мнение самих учёных по этому поводу.
Очевидно, что буква Ё возвышается в последние годы. И копание в истории, и памятник букве, и чьи-то директивы об обязательном использовании буквы Ё в региональных документах — всё это следствия.